Αφού γίνει η εξέταση του ασθενή ο δερματολόγος θα αποφασίσει την αντιμετώπιση τους, η οποία εξατομικεύεται. Οι μέθοδοι θεραπείας είναι επεμβατικοί (πχ κρυοθεραπεία), φαρμακευτικοί με τοπική εφαρμογή σκευασμάτων ή συνδυασμός αυτών.
Προκειμένου να ενισχυθεί το ανοσοποιητικό σύστημα του ασθενή θα πρέπει να αποφευχθεί το σωματικό και ψυχολογικό stress, να διατρέφεται σωστά και να διακόψει το κάπνισμα. Μέχρι να εξαλειφθούν τα κονδυλώματα θα πρέπει να απέχει από σεξουαλικές επαφές. Η χρήση προφυλακτικού μειώνει την πιθανότητα μετάδοσης του ιού (αν τα κονδυλώματα εντοπίζονται σε περιοχή που καλύπτεται από το προφυλακτικό) αλλά δεν τη μηδενίζει. Όσον αφορά στην αποτρίχωση θα πρέπει να διακοπεί το ξύρισμα και η αποτρίχωση με κερί στην περιοχή που παρουσιάζει οξυτενή κονδυλώματα. Είναι πολύ συνηθισμένο φαινόμενο τα οξυτενή κονδυλώματα να υποτροπιάζουν μετά από θεραπεία, λόγω της παραμονής του ιού σε λανθάνουσα κατάσταση στο δέρμα γύρω από τις βλάβες και επανεργοποίησή του ή λόγω αναμόλυνσης.
Αυτονόητο είναι, όπως και για τα υπόλοιπα σεξουαλικώς μεταδιδόμενα νοσήματα, ότι πάντα θα πρέπει να εξετάζεται και η/ο σύντροφος του/της ασθενούς και να θεραπεύεται.